मछली पालन पर भारी रूप से निर्भर करता है पानी की पुनः चक्रवती प्रणाली जल संचयन में बायोफिल्टर एक मछली की टंकी या तालाब में पानी को प्रदूषकों, जैसे एमोनिया और नाइट्राइट से सफ़ाई करते हैं। ये रासायनिक पदार्थ पानी में जमा हो सकते हैं और मछलियों के लिए नुकसानदायक हो सकते हैं। एक बायोफिल्टर अच्छे बैक्टीरिया के लिए घर है, जो ये प्रदूषक कम जहरीली चीजों में बदल देते हैं।
मछली पालन के जैवफ़िल्टर के डिज़ाइन में कई महत्वपूर्ण घटक होते हैं। केंद्रीय खंड फ़िल्टर मीडिया है, जहाँ उपयोगी राइज़्म स्थित होते हैं। ये ग्रेवल, रेत या प्लास्टिक गेंदों को शामिल कर सकते हैं। पानी की बहने की दर भी एक महत्वपूर्ण हिस्सा है, और यह यह है कि पानी जैवफ़िल्टर से कितनी तेजी से गुज़रता है। बहने की दर को सही रखना चाहिए, ताकि बैक्टीरिया को हानिकारक चीज़ों को तोड़ने के लिए पर्याप्त समय मिले।

दुनिया भर में, कई मछली ख़ेतों में सफ़ल जैवफ़िल्टर डिज़ाइन मिल सकते हैं। एक उदाहरण टेक्सास में एक मछली ख़ेत है, जहाँ एक जैवफ़िल्टर प्रणाली ग्रेवल और रेत का उपयोग करती है। उन्होंने पानी की बहने की दर को बहुत सावधानी से नियंत्रित किया। यह उनके पानी को मछलियों के लिए साफ़ और स्वस्थ रखने में मदद की।

नए अवधारणाओं का विकास हुआ है जल संचयन पर आधारित प्रणाली मछली पालन की ब्याजता में सुधार करने के लिए। एक नया अवधारणा विशेष माइक्रोब्स का उपयोग करती है जो जहरीले यौगिकों को पाचने में कुशल होती हैं। दूसरी धारणा तंत्रिका माध्यम के लिए कम खतरनाक नए सामग्री का उपयोग करना है। ये चालन जल को सफ़ाई रखते हैं और मछली पालकों को प्रकृति को कम नुकसान पहुँचाने देते हैं।

ऑटोमेटेड मॉनिटरिंग सिस्टम जलीय प्राणियों के जीवों के फ़िल्टर डिज़ाइन में सबसे हाल की रुझानों में से एक है। ये सिस्टम जल में अवांछित रासायनिक पदार्थों के स्तर का पर्यवेक्षण कर सकते हैं, और जरूरत पड़ने पर, जीव फ़िल्टर को समायोजित कर सकते हैं। यह मछली पालकों को सफ़ेद और स्वस्थ जल बनाए रखने की अनुमति देता है। एक और रुझान रिसर्कुलेटिंग जलीय प्राणियों के पुन: उपयोग करने वाले सिस्टम का उपयोग करना है, जो जल को पुन: उपयोग करते हैं और कम अपशिष्ट उत्पन्न करते हैं। ये सिस्टम पारंपरिक मछली पालन सिस्टम की तुलना में पर्यावरण के लिए अच्छे हैं।
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